【最佳实践】“数”战速决，HPE携手麦克马斯特大学加速传染病学研究

HPE近日宣布，麦克马斯特大学的McArthur实验室开发出了一套能够以最快速度准确发现新冠病毒变异体的软件包，HPE Superdome Flex在其中发挥关键作用。该实验室利用HPE Superdome Flex快速汇集并处理原始基因组数据，提取洞见，帮助全世界有效预防病毒变异。HPE为麦克马斯特大学提供的解决方案在应对疫情上发挥出了明显的效用，它不仅帮助研究人员监控病毒变异，而且能够协助调查新冠病毒感染情况，将收集和分析阳性病例数据的时间从原来的9至10个小时缩短到不足1小时。

在研究人员着手对原始基因组数据进行排序的同时，McArthur实验室也与Sunnybrook卫生科学中心（Sunnybrook Health Sciences Center）的病毒学家共同研究是哪些病毒导致了患者感染，以及病原体是如何形成新的变异并在人群中传播的。这两个团队在疫情之初就投入了研究工作，是加拿大最早（2020年1月）分离出SARS-CoV-2病毒并进行研究的团队。他们也将这些信息与卫生管理部门和医药公司共享，帮助他们研发疫苗和治疗药物。

麦克马斯特大学生化及生物医药科学系教授Andrew McArthur博士，同时也是M.G. DeGroote传染病研究所 (IIDR)和加拿大流行病及生物威胁全球关系组织（ Canada's Global Nexus of Pandemics and Biological Threats）的成员之一，他表示：“与其它的传染病实验室一样，我们需要了解疫情初期病毒的传播情况。在科学家开始对SARS-CoV-2基因组进行排序的前两周里，我们就重新设计了整个管道，并且搭建了一个平台，准备收集病毒的基因。在基因组装的过程中，你需要有1000倍的冗余才能确定一个患者底是被什么病毒感染。当被研究的感染者的数量达到100位时，我们收集到的数据将高达几个TB。但疫情不容耽搁，我们必须在一个小时内就得出结果。因此，我们选择了HPE解决方案来大幅缩短收集和分析数据的时间，从而加速对感染者的病毒基因学研究并得出结果。”

除了HPE Superdome Flex服务器之外，HPE还提供世界上扩展能力最强的模块化内存计算能力，McArthur实验室还采购了HPE的其它解决方案，包括：HPE Nimble Storage HF20C：用于存储基因排序团队的海量基因组原始数据。

HPE Apollo 6500系统：特别适合在开发AI算法时运行深度学习工作负载，能够基于细菌基因组排序预见抗生素失效问题，也可以部署机器学习，助力新药研发。
HPE执行副总裁兼高性能计算及AI业务总经理Justin Hotard表示，“在基因组学中，科技在DNA研究中发挥着关键作用。研究人员借助高性能计算能力可以大规模处理数据，从而预测、诊断和治疗各种疾病。McMaster实验室的研究对公众来说意义重大，其借助HPE Superdome Flex强大的计算能力，可以实时分析海量数据集，并快速解决疫情医学研究过程中的关键问题。”